باقرخان وقتی قضیه ی مهاجرت پیش آمد همراه مهاجرین حرکت نمود شبی در نزدیکی قصر شیرین عده ای از کردها به او و همراهانش حمله کرده و او را به قتل رساندند -مرگ باقر خان به همراه 18 نفر از یاران و همراهانش درمحرم 1335 قمری ابان 1295 خورشیدی به دست یکی از اشرار معروف کردهای قصرشیرین به نام محمد امین طباطبائی به قصد تصاحب اسب و وسائل میهمانان خود صورت گرفت